Назва Мала Перещепинська походить від прізвища засновника села Мала Перещепина козака Прищепи.
Але за словником Даля В.І. тлумачення слова «перещепина» як «перетинка». Тому можна припустити, що назва села,пов'язана з особливістю місцевості, де вона розташована. В давнину на території села було багато боліт і озер, а в південно-західній частині — велике болото, що перетинало шлях.
Село могли також заснувати вихідці з Перещепини (тепер Дніпропетровська область).
Офіційно назва села «Мала Перещепина» утвердилася після створення волості під цією назвою у 1846 році. На цей час у Малій Перещепині 1202 чоловіки, головним чином козаки.
Пожвавлення в житті села внесло будівництво залізничної ділянки Харків—Миколаїв. В 1863 році було побудовано станцію Мала Перещепинська, що розташована за 3 км від села. На станції були збудовані хлібні склади, магазин. За кількістю доставлених зернових вантажів на той час станція Мала Перещепинська поступалася хіба що перед Полтавою. Станція входила до Харківо-Миколаївської казенної залізниці, а потім увійшла до складу Південної залізниці.
У 1912 році місцевими жителями на західній околиці Малої Перещепини знайдено Малоперещепинський скарб вагою 75 кг — визначну пам'ятку кінця VII-VIII століття. Вона тепер зберігається в Ермітажі.